V muzejním pavilonu II je od roku 2008 nová stálá expozice sestávající nejen z prohlídky autentického negativu základů II. mikulčického kostela, hrobových jam s pohřby a trojrozměrných maket všech mikulčických kostelů i paláce, ale také z emotivního prožitku z moderní muzejní archeologické prezentace spojující prvky mluveného slova, hudby a filmové projekce s přímou prohlídkou muzejních exponátů.